与此同时，外国传教士也随着外国资本大量涌入内地，形成新的文化冲突，于是民间秘密结社形式及其政治诉求多有变化，他们往往不满意于“新异族”传教士的所作所为，开始放弃先前两百年“反清复明”政治诉求，转而将传教士作为斗争目标和袭击对象。
秘密结社是中国民间社会的一个重要组织形式，有着悠久历史传统，其功能是在政治高压社会网络中为孤立无援的个人提供咨询和帮助。据研究，晚清北方中国活跃的所谓义和拳只是中国民间秘密结社的一个分支，大多属于白莲教系统，其政治起因多是不满意于满洲人“异族”统治，故而在清朝前期从事“反清复明”政治活动，以民间力量为清朝政治统治制造麻烦。
到了清朝中期，种族意识在长时期消磨中逐渐丧失，由白莲教系统演化出来的所谓义和拳实际上已演变成以强体健身、自卫身家为宗旨的民间武术团体，他们的政治诉求一般说来比较简单具体，因为他们已失去以满洲人为斗争对象的可能和机会。
鸦片战争后，传教士随着列强的战舰大规模东来，涌入内地，他们在向中国社会传递西方近代文明的同时，毫无疑问也因为对中国国情缺乏了解而支持或者说利用了一些不良中国人。不必否认早期教民中有许多虔诚的中国人真心向教，但同样不必否认早期教民中也有一些不良之士甚至不为中国人所耻的地痞无赖。
这些不良之士利用传教士作背景欺行霸市，为非作歹，横行乡里，激化了民间社会中西矛盾，西方来华传教士无端替那些不良教民承担了责任。民间社会与“新异族”传教士的矛盾不断加剧，他们逐渐将传教士作为主要斗争目标和袭击对象。于是民间秘密结社成为晚清中国社会中抵抗外来侵略尤其是反对外国传教士斗争的中坚力量。
在甲午战前，民间秘密结社反洋教的斗争虽然时有发生，但从总体上看，这种斗争既没有形成规模，也没有多少政治深度，更多的只是各地因某些具体事件而发生的反对教士、教民不法行为的所谓“教案”而已。
甲午战后则不然。随着外国资本无节制地进入中国，外国商品无限制的涌入，这一方面提升了中国人的生活品质，另一方面使许多中国人的生活难度在加大，许多下层民众的生活状况较之战前不是有所改善，而是进一步恶化。
有了这种最直接的个人生命体验，中国人尤其是广大农村民众在将这种责任归罪于朝廷的同时，他们更直接的感受就是那些仰仗洋枪洋炮而作威作福的洋教士们以及他们所豢养的那些所谓教民几乎没有什么好东西。他们的愤怒无一例外地对准这些洋教士和中国教民。
就传教士本身来检讨，这些传教士本来是肩负着传播“福音”的使命来到中国，他们在甲午前一般地说来除了个别传教士怀有某些政治野心，不安分于传教而热衷于政治活动外，大多数传教士还是在中国广大地区尤其是农村地区，特别是偏远的农村地区作了许多有益的慈善工作、教育普及工作。
然而到了甲午战后，随着外国资本在中国大幅增加，各国在中国的利益也在增加，相当一部分传教士已不安心于传教，而是开始直接或间接地为其国家利益服务，违背了其为上帝传播“福音”的原初宗旨。
例如德国天主教会圣言会在山东的主教安治泰，一直要求德国政府为教会利益采取积极有力的行动。巨野教案发生后，他立即向德国外交部建议应该利用这个大好机会占据胶州湾，并将此变为德国在远东的一个重要基地。这种具有明显政治色彩的言行显然不符合传教士的角色，不符合传教士来华的原初本意，显然是以宗教外衣从事宗教外的事务，这自然引起中国人的反感。
像安治泰这样的传教士在当时虽然并不具有普遍意义，但也为数不少。诸如法国传教士樊国梁、美国传教士丁韪良、李佳白等，他们虽然在近代中国社会转型过程中起过相当重要的作用，但随着中国政府与西方国家尤其是与他们自己的国家发生某种冲突或外交紧张时，他们都在某种程度上背弃了最初的宗教乃至政治信仰，而屈从于更现实的政治，都曾向他们自己的国家竭力鼓吹过瓜分中国，要求其政府动手建立自己的侵略基地。
甲午战后，中外冲突最剧烈的无疑是山东。山东人不仅在战争中遭受到直接痛苦，而且在战后受到直接影响，特别是德国强占胶州湾之后，山东成了德国人独占的势力范围，修铁路，开矿山，强占民田民房，破坏水道，破坏坟茔，山东境内铁路沿线、矿山周围的百姓没有得到经济开发所带来的好处，反而因经济开发而受到了无端伤害。
按照中德双方达成的谅解，德国人在山东修筑铁路、开采矿山，需要占用民田民房的，都会给予相应补偿甚至优待，但在实际上，那些被占用的民田民房根本得不到补偿，或者得到的补偿非常少，这势必引起被占土地的大量农民强烈不满，“失控的发展”终于引发一系列突发事件。
这种情形当然不能全怪罪于德国人。按照中德约定，德国铁路、矿山所需要的土地当然由中国政府征收整理后提供，德国方面不介入与中国百姓的直接关系，德国方面的补偿主要是通过贸易形式，因此这些征用补偿的责任主要在中国政府。
至于突发事件发生后，德国方面也不得直接介入，因为这是中国政府的权力，是司法自主。然而由于中国地方政府效率低下，突发事件发生后往往反应迟钝，制止不力，甚至有纵容民间社会向德国殖民当局闹事的嫌疑，于是久而久之，德国人根本不再顾忌中德原先达成的谅解，一旦某地发生骚乱，德国人往往绕开中国地方当局，迅速直接派兵强行镇压。这虽然提高了效率，但无疑增加了中外之间的仇视。
为了平息民怨，参与处理这些纠纷的山东地方官吏曾向清廷提出过很好建议，希望由总理衙门出面协调与德国殖民当局的关系，维持原条约中的约定，但凡租界外发生纠纷，仍归中国地方当局处理，“庶免喧夺而起纷争”。然而这样的建议或不被清廷所重视，或不被德国人所接受，结果矛盾越积越深，局部抗争逐步演化成大规模武装反抗。
在山东开发投资的不只是德国人，日本、英国，在山东也有自己的利益。甲午战后，威海卫曾被日本作为抵押占领三年之久，后被英国顺手租借。这些租借、开发，即便不是完整意义上的殖民，但中外发生冲突的几率无疑在上升。这是义和拳兴起的一个外部原因。
义和拳的兴起，还与当时经济转型有关。甲午战后，外国资本蜂拥而至，投资中国的铁路，铁路很快成为经济大发展中的一个重要的物流渠道，其便利、低价、规模，使铁路具有极强的竞争优势。
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