光绪帝的存在成为皇太后和那时当权者的一个心病，起初他们或许真的企图通过宫中太监使用药物等办法摧毁光绪帝的肉体，但这一做法很快遭到各方面公开谴责，中外各界一致警告那些政治野心家不要违背民意进行这种阴谋。
不过，传言中的这一做法在多大程度上出于皇太后指使，实际上是很值得怀疑的。作为一国领袖，皇太后不会也不应该这样下作，她如果想置光绪帝于死地，应该并不困难。光绪帝虽然不是皇太后亲生，但多年养育之恩，光绪帝正如自己所辩白的那样，他并没有对慈禧皇太后表示过不忠，现在能够看到的比较可信资料，即便是光绪帝确实感到皇太后对新政干预太过分时，即便他与皇太后发生过言语冲突后，他找杨锐所要商量的也是考虑怎样既能推动新政进行，而又不使皇太后生气。光绪帝的真情实意并不难被皇太后所理解。所以皇太后如果真的像那些政治流亡者所宣传的那样指使宫中太监使用药物从肉体上摧残光绪帝，未免太过于夸大了帝后冲突，也太过于戏剧化。
政治流亡者虽然吃尽了苦头，但却获得了道义同情和支持，且较清廷拥有更大话语权势。相反，清廷特别是慈禧皇太后毕竟用“六君子”鲜活生命换取了政权，不管怎么说似乎都在道义上亏了一层。再加上，专制政体信息不透明，清廷在很大程度上反而成了话语弱势。所以我们看到所谓皇太后利用宫中太监向皇上使用药物的说法，基本上来源于海外政治流亡者，并没有档案或其他方面的证据作为支持。
两宫之间的真实情形我们并不太清楚，但我们知道皇上在1898年那场未遂政变之后确实病倒了。第二年，皇上的身体时好时坏，至年底，似乎大有一病不起的迹象。12月20日，皇上发布一道上谕，驳斥康有为、梁启超等人在海外造谣诬蔑，强调皇太后出园训政以来上下一心，宫府一体，希望臣民不要听信康有为等人瞎说，妄为揣测。
皇上的谕旨证明两宫之间没有矛盾，然而为时不久，一个流传很久的传言竟然变成了事实，满洲贵族统治集团开始为皇上物色继承人，至1900年1月24日，上谕宣布立端郡王载漪的儿子溥隽为大阿哥，继承穆宗毅皇帝同治帝为子，实际上就是光绪帝的接班人。由于这一天为农历己亥年十二月二十四日，因此历史上称这一事件为“己亥建储”。
“己亥建储”确乎为光绪年间的重大政治事件，这一事件对于后来的政治发展具有相当重要作用。但是这一事件的真相现在已经很难弄清了，其本质应该与光绪帝的病情恶化，以及清代权力传承有关。
满洲贵族入关建政虽说已有两百多年的历史了，但满洲人由于没有掌握中国文明的精华，没有弄清传统中国政治权力传承精粹在哪里。中国文明很早就确立了政治权力父死子继的大原则。如果没有子嗣，中国文明中政治权力传承小原则是兄终弟及。再次，假如兄终弟及也无法实现，比如皇帝没有亲兄弟，那也没有问题，按照血缘关系，以与皇帝血缘关系的远近确定皇位继承人。中国文明的这种制度设计最大限度地减少了皇族内部的权力冲突，是一种自然顺位。然而由于满洲人是以异族身份入主中原，汉人士大夫大约也懒得将这些精华告诉他们，所以清廷自第一个皇帝开始，直至最后一个皇帝，始终面临着皇位继承问题的困扰，始终不知究竟怎样解决。
立端王之子溥隽为大阿哥，主要是因为光绪帝的身体经过1898年的折腾可能实在顶不住了，而且光绪帝大婚已经十几年了，看来已经很难有自己的龙子龙孙了，因为在过去两年中，也曾有外国公使馆的医生为皇上看过病，已经证明皇上的肾病相当严重。为了大清王朝长治久安，为了防止光绪帝万一发生什么不虞，特别是因为皇上需要静养，而清廷繁琐的日常典礼实在太多了，所以如果有一个大阿哥代劳，至少可以使朝廷日常事务重回正常状态。这是立大阿哥的真实原因，完全是为光绪帝的身体着想，这个想法在很大程度上就是光绪帝本人的主意。
从善意去理解“己亥建储”是对的，清廷官方文书也都是这样解释的。然而由于此时离1898年政治变动太近了，许多问题并不那么容易看清楚。出于政治原因，在清廷为正常的政治运作，而在那些被流放的康有为、梁启超等人看来，可能就是一个阴谋。
他们认为这是以慈禧皇太后为首的守旧派试图更换皇帝的做法，为了保护他们心目中的英明皇上，他们发起了一场规模浩大的“保皇运动”，许多不明真相的人出于挚诚，通电抗议清廷“名为立嗣，实则废立”，呼吁朝廷中的健康力量如庆亲王，如荣禄等公忠体国，奏请皇上不要有退位之想，“上以慰太后之忧勤，下以弥中外之反侧”，将一个正常的人事调整视为影响中外关系的大事件，这就为后来的政治发展注入了许多不确定因素。
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“己亥建储”所引起的政治格局变化只在上层，而下层民众则是另外一种情形。只是到了后来，当上层政治变化引发中外关系紧张和冲突时，政治高层非常不恰当地利用了民粹主义情绪，遂使问题复杂化。
下层民众在甲午战后承受着更多痛苦，他们根本没有多余精力当然也没有能力就国家大事表明自己的态度。不过，甲午战败对下层民众来说也是直接的政治事件，他们的生活在经历了这次战争后更加艰难，“集体无意识”促使他们不甘心于中国社会继续沉沦，不甘心于具有五千年历史文化传统的中华民族就此灭亡。
于是，以农民、手工业者为主体的社会民众自发再次联合起来，他们用独特的应变方式掀起一场以挽救民族危亡为目的的政治运动。他们像顾炎武在两百多年前所揭示的那样，对于国家的灭亡并不感到特别可怕，他们真正感到可怕的是“亡天下”，是民族文化无法在这个世界继续存在，于是有义和拳在山东悄然兴起。
正如人们久已知道的那样，义和团运动至1900年初方才引起人们注意。在此之前数月，义和拳一直在鲁西北慢慢积蓄力量。至1899年冬，义和拳越过直隶和山东交界地区，以迅雷不及掩耳的速度扩展到华北平原大部分地区，甚至蔓延到东北及蒙古。所以经久不衰的民谣称“义和拳起山东，不到三月遍地红”。
义和团运动的迅速崛起，与甲午战后国际局势变化以及国内社会经济大变化有着直接关系。随着《马关条约》的落实，外国资本潮水般进入中国，中国经济实际上渐渐处于失控的发展状态，与外国资本大幅进入中国相配套的政策并不完善，强劲的发展势头实际上潜伏着巨大的政治危机。
马关条约日文本
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