一些中医专家认为，“药食同源”在百姓中主要存在三个误区，第一，盲目进补。有些人觉得身体虚亏就服用人参等，以为可以补气健体，实际上，对阴虚体质的人却是不可用，反而消耗阴津，使症状加重。药材必须要给合适的人服用。
第二，滥用药物食品。近年来，一些类似于人参软糖等药物食品流行起来，长期大量服用可能有害健康；还有些人自制药物食品，比如认为甘草有益则拿来泡茶喝，实际上，久服甘草可导致肾上腺皮质功能减退。
第三，本着“药食同源”，却不懂得药材配伍，胡乱搭配，危害健康。中药有“性味”之分，药食同源的药物都有“寒热温凉”四种特性，是对立的。如果不懂得药物的配伍，“寒温”乱用，不仅不会见效，反而可能危害健康。例如，以食物来说，“猪肉：反乌梅、桔梗、黄连；合苍术食，令人动风；合荞麦食，令人落毛发，患风病；合鸽肉、鲫鱼、黄豆食，令人滞气”。
既有科学依据，又有潜在风险，如何更好地发挥“药食同源”理念，更好的服务“健康中国”？
陈凯先提醒，国家卫生部门发布的“药食同源”药材食材清单经过充分检验论证，切勿未经医生指导把没有列在清单之内的药材当食材。同时，即使清单之内的药材食材也要使用对路，这些药材食材虽然没有安全性的问题，但长期食用是否对症、能否达到养生乃至治病的目的，还需要医生的指导。“一些正规的药材经过专门炮制，可把毒副作用去掉或减低，但老百姓不一定懂得炮制方法；此外，还有药材的用量，在一定用量里面是安全的，但超出用量可能产生副作用。如果不掌握这些中药的特点，盲目把药材当食材，会适得其反。”他说。
专家把“药食同源”的宜忌通俗地概括为三句话：不是所有药材都可以拿来煲汤；能拿来煲汤的不一定适合你的体质；即使药材适合你的体质，也要讲究与其它食材的配伍，而且不是用量越大越好、食用越频繁越好。
此外，在从药物治疗到营养治疗的过程中，张伯礼表示，涉及“药食同源”的养生类产品须加强监管，建立安全可靠的准入体系。他说，养生不能神秘化，应该作为一种日常习惯纳入到生活中，这就需要提高养生类产品的门槛，要求生产企业必须具备特定的资质。“目前养生类产品的门槛太低，做科普养生的鱼目混珠，有医药企业夸大疗效。不能让没有资质的企业和产品在里面捣乱。”他说。
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