有关北京鹤年堂的成立时间，有说法是成立于1405年（明永乐三年）。鹤年堂的创建人是元未明初著名回回诗人、医学养生大家丁鹤年。他出生于元朝皇封贵族，世代精通回、汉医学和养生学，祖父以“善药食（药膳）、长乐饮（保健药汤）”而闻名于大都。
丁鹤年深得回、汉医药之精髓，在中医药方面建树硕丰。他本人目睹了战乱中生灵涂炭、瘟疫肆虐、老百姓因疾病折磨而丧生的残酷现实，从小立定了“不为良相只做上医鸿儒”的志向。他一路行医治病，游历名山大川，切磋易理，探讨养生之法。
丁鹤年不仅是养生大家，还是著名诗人，他的诗歌不仅体现出他作为一代诗人特有的激情豪放，还有淡泊宁静和闲情逸致。他在《奉寄九灵先生四首》中写道：“清泉白石两悠然，仙隐何妨日似年。颇厌文章妨大道，却从奇偶玩先天。云间犬砥烧丹鼎，雨里龙耕种玉田。终岁不闻城府事，闭门闲著养生篇。”
其“奇偶”既指阴阳，“先天”指易经。他潜心研究中医学的核心理论——阴阳学说的真蒂，通过自己的医疗实践经验分析阴阳理论对养生之道的指导意义，并逐步有了独到的理解和认识，这为他打下了深厚的中医药理论功底。他擅长中药的炮制之法，在处方的炮制上推陈出新，富有创造性，所以他留传下来的不少古方、偏方、秘方都很有实用价值，与社会上、市面上、江湖上所流传的一般配方不同。
天下基本安定之后，丁鹤年小时候想做上医鸿儒之志得以施展。于是，1405年，也就是永乐三年，他历游北京时，在回回人聚居地牛街附近的菜市口创建鹤年堂，以自己的名字命名，内含《淮南子·说林》中“鹤寿百岁，以极其游”的意思，同时也取汉族民俗“松鹤延年”之意，表明了他开办医药铺的目的就是要让人们健康长寿，享受生活的美好。
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