比如用幼儿视力作观察参考对象，忽略了幼儿视力本身就在发育过程中的前提。用血流图仪、红外热象仪检测，证明眼保健操能让眼睛局部血流量增加，改善血循环。但随意按揉眼睛也能达到促进局部血循环的效果，而且改善循环、缓解疲劳和治疗近视之间也没有因果关系，这个实验也无法证明眼保健操可以治疗近视。
儿童视力处于发育过程中
早在1979年第二届全国眼科学术会议上，就有一篇论文对眼保健操的疗效提出了质疑。这篇论文称"以735名10～17岁做眼保健操学生为实验组，以未做眼保健操的198名学生为对照组，1年后检测视力及屈光度发现，多项结果两组间差异均无统计学意义"。
而15年一项同仁医院眼科中心的调查结果亦显示，从长远上看，眼保健操并不足以达到预防近视的效果。
实际上，现代医学认为近视多是由眼球睫状体紧张导致眼轴变长引起的。但眼保健操按压的位置跟睫状肌、眼球血液供应的联系并不明显，也不能帮助放松紧张的睫状肌，治疗近视就更加谈不上了。按摩穴位与改善视力的关系，从未见相关实证研究。
黑河：近百名边防侦察兵齐做眼保健操倡导科学养眼/视觉中国
有不少肯定者认为眼保操至少能缓解眼部疲劳，如《浅析学生眼保健操的沿革》一文所举的一个肯定性实验，该实验分别测量做眼保健操和望远后的眼压变化，试图证明眼保健操有缓解眼压作用。但"读写1 h后平均眼压增高0.60 mmHg，眼操后平均减低1.67 mmHg；读写1 h后平均眼压增高0.18 mmHg，望远5 min后，平均减压2.57 mmHg"的数据显示，就降低眼压来说，直接向外远眺5分钟比做眼保健操的效果还更好。
迷信眼保健操反而有害
眼保健操并非中国人独创，在国外还有更著名的贝茨疗法，同样风靡一时。
1920年，美国眼科医生威廉?贝茨（William H. Bates）自费出了一本书，就叫《不用眼镜治疗视力缺陷》。经过37年的临床实践，贝茨医生认定所有视力问题都是由于眼睛疲劳和神经紧张造成的，只要放松眼部就能恢复正常视力。因此自创了一套护眼操练习，包括用手掌遮住眼睛后再睁眼等技巧，声称能纠正近视、远视、散光、老花，甚至能治疗白内障。
贝茨《不用眼镜治疗视力缺陷》一书中关于晒太阳的示意图
但没过多久，贝茨疗法就被美国联邦贸易委员会认定为是虚假广告。全美反卫生欺诈委员会成员、加州大学伯克利分校助理临床教授罗素?S?沃勒尔等众多眼科专家也认为贝茨的理论与科学事实不符，对于眼部疾病，做练习只会延误药物和手术治疗的时机，甚至会对视力造成永久性损害。
事实上，贝茨疗法至今仍有许多变种，作为一种类似按摩推拿的替代疗法存在。但在欧美各国，医学界普遍认定这种疗法并无科学依据，也没有可靠的疗效。2004年，美国眼科学会发表了对各式"眼保健操"的研究声明，称包括眼保健操、肌肉放松、眼部按摩等各式行为疗法，无论是单独进行还是结合在一起，都没有证据显示这些疗法可以明显改善视力。
2009年3月16日，几名小学生在河南省南阳市按摩医院眼部保健科接受中医疗法矫治视力/视觉中国
其他国际主流机构如国际视觉矫正协会等也发表过类似声明。2005年新西兰眼科专家在分析43篇相关论文后总结道，鉴于并无医学界主流研究能支撑眼保健操的功效，这种提高视力的做法缺乏科学依据的，因此不宜采用，避免延误治疗时机。
但至今仍在中国各中小学中推行的眼保健操，造成的难题却不仅于此。学生们如果不注意，用不干净的手接触、揉按眼睛，会增加眼睛感染，甚至呼吸道感染的风险。据报道，2010年9月17日，合肥市部分学校“红眼病”疫情流行，合肥市政府便急令全市中小学要停做“眼睛保健操”，避免“红眼病”经手传播。
河北邯郸：迎接“全国爱眼日” 小学生蒙眼写字了解爱眼重要性。图/视觉中国
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