重庆初步形成两江新区、巴南、合川、涪陵生物医药产业集聚区，医疗数据挖掘应用、新药开发、器械和耗材生产、产品流通等特色产业链。
2016年，重庆市政府发布《重庆市加快生物医药产业集群发展行动计划（2016—2020年）》，提出到2020年，全市医药产业经济总量达到2800亿元，进一步聚力向两江新区、巴南、合川、涪陵等区域集中，形成“4+1”医药产业集聚区，增强集群效应，做大产业规模。
产业集聚区
巴南区
智睿生物医药产业园（填补了重庆无高端生物制药产品的空白）、美国Athenex制药基地（将全球50多个最畅销的难溶性药物由注射剂变成口服制剂，填补了重庆无大型外资制药项目的空白）、重庆医药麻柳产业园（作为布局医药产业的核心地带，聚焦医药制剂、现代中药、生物制药和高性能医疗器械等重点领域）、重庆伍舒芳特色医药制剂产业基地、重庆植恩高端药物技术转化平台、北大医药产业园（建成西部最大的化学原料药出口基地和全球最大的磺胺类药物生产基地）等20个重点项目先后落户园区，投资额达180亿元、产能规模350亿元，初步构建了“孵化+基金+生产制造”的相对完善生物医药产业发展环境。
合川工业园区：
合川医药产业园，是重庆市布局的“4+1”医药产业集聚区之一，致力于打造以医药健康为主的消费品产业集群。打造以医药制品、医疗器械及耗材、保健品为重点的医药产业集群。制药方面，着重国内外知名生物制剂、中成药等项目，鼓励现有医药企业换代更新；医疗器械及耗材方面重点突出一次性医用耗材、家用医疗器械、高端医疗检测设备、无毒高效新型辅料、复合辅料等项目，引进一批满足医药配套服务的研发、检测、销售等平台；保健品方面发展具有特色保健功能或者以补充维生素、矿物质为主的保健品科技型项目。园区已累计入驻优宝生物、国泰康宁、天圣制药等医药项目，2016年产值超过30亿元。
两江新区
两江新区是重庆市认定的生物医疗发展的主要承载区，北碚水土高新产业园为生物医药以及医疗器械的产业聚集园区。主要瞄准抗肿瘤、精神类和心血管等疾病领域，重点发展附加值高的医药产品，以及CT扫描、核磁共振成像、血透机、人工心脏等高端医疗器械，形成高端药品制剂集聚区和高端医疗器械研发生产基地。
涪陵区
经过多年的发展，已形成了以太极集团、葵花药业为代表的中成药，以华兰生物为代表的生物制药，以常捷医药为代表的化学药，以三海兰陵为代表的医药包装材料等龙头企业。力争到2020年，全区生物医药产业规上产值突破300亿元人民币。
特色产业链
重庆是全国五大老医药工业基地之一，不仅化学药具备较强的生产能力和技术积累，中药产业特色明显，医疗器械自主创新优势也十分突出。已初步形成了集医疗数据挖掘应用、新药开发、器械和耗材生产、产品流通于一体的生物医药产业链雏形。
生物制药
太极集团
太极集团有限公司（简称太极集团）连续十五年入围中国企业500强。2016年3月1日前，完成“太极实业”、“西南药业”、“桐君阁”三家上市公司整合为一。“太极”（TAIJI）是中国首批驰名商标，2016年集团销售总额达330亿元，2027年将跨越千亿大关。
太极集团拥有10000家药房、13000名员工、20多家医药商业公司、13家制药厂及太极医药研究院、重庆中药研究院两大研发机构。1998年，太极集团与国内外15所院校合作建立全国首批博士后工作站；1999年，太极集团技术中心被认定为国家级企业技术中心；2014年，获国家批准建立太极院士专家工作站，中国工程院近20位院士成为太极研发顾问。
太极集团现有中西药品种1500多个，全国独家生产品种50多个、获得国家中药保护品种50多个、国家基药品种165个，获国家专利120项、年销售额逾亿元的品种15个，过千万的品种逾100个。太极藿香正气液2017年将跨越单品种15亿元大关。
伍舒芳
重庆希尔安药业有限公司旗下的“伍舒芳”品牌，始创于康熙三十七年（公元1698年），距今已有318年的历史，是重庆现存最老的老字号，与北京“同仁堂”并称“北有同仁堂，南有伍舒芳”。
希尔安生产基地位于重庆市合川工业园区，占地面积500多亩，总投资11亿元；共有15个剂型通过新版GMP认证，实现了生产车间无尘化、生产设备自动化、生产工艺标准化、质量管理精益化、环境保护科学化。二期工程建成投产后企业年产值将达到50亿元。
公司产品资源丰富,拥有生产批文180个，其中76个品种列入《国家基本医疗保险药品目录》；22个品种列入《国家基本药物目录》；4个中药保护品种。
医疗器械特色企业
重庆山外山
重庆山外山血液净化技术股份有限公司成立于2001年，是一家专业从事血液净化设备研发、生产及技术服务的高新技术企业，是国内规模最大技术最先进的血液净化设备生产企业。公司产品主要包括血液灌流机、持续血液净化系统、血液透析机和血液透析滤过机等系列血液净化设备，临床上主要用于治疗急慢性肾衰、尿毒症、多脏器衰竭和各种中毒等多种危重症。
山外山于2016年8月1日在新三板挂牌上市，2017年上半年营业收入3432.4万元，较上年同期增长2.06%；净利润-298.8万元，较上年同期下滑了12.99%。
澳凯龙
重庆澳凯龙医疗科技股份有限公司成立于2003年，是一家专业致力于血液净化医疗服务、血液净化和水处理系列设备，集研究开发、生产销售、医疗服务与医疗信息化为一体的高新技术企业。
澳凯龙SDL-2000H型血液透析机采用微小质量流量计超滤控制系统技术，为全国首创。澳凯龙公司现已建成多家“澳凯龙透析之家”连锁血液净化中心；在建数家“澳凯龙透析之家”连锁血液净化中心，医疗服务初具规模，服务众多透析患者。
澳凯龙已经于2017年8月18日在新三板挂牌上市，公告显示，澳凯龙2015年度、2016年1月-12月营业收入分别为867.42万元、3465.33万元，净利润分别为-731.42万元、39.78万元。
中元生物
中华养生网
