临江市市委书记姚远明为了引出残留下来的敌特分子，联合公安局副局长林笑海设下诱饵，有意向敌特潜伏份子放出风声，说米格发动机将在今晚运抵九洲厂。当晚九洲厂财务科长张东洋被敌特大海绑架，遭逼供询问米格发动机图纸的下落，正当张东洋受不了逼迫，准备说出图纸下落，宏伟公司老板姚贵阳出现打死了大海，解救了张东洋，并向张东洋保证他和他哥张东海的生命安全以及利益。
同时，调查局乔太保得到米格发动机将在今晚经抵达的消息。敌特设下埋伏，负责清剿行动的侦查处长雷国华反伏击，乔太保派遣的老豆带人与雷国华开始激烈战争，老豆子被捕，之后服用藏在衣领上的氰化钾死亡，乔太保极为震怒。
九洲厂保险柜被盗后，张东海逃离临江到达上海。姚贵阳为了得到印章，派自己的情人，保密局特务郝丽娜勾引张东海，让张东海在支票上面签字后，杀死张东海取得印章。同时，上海公安局发现张东海在上海的足迹，并赶往上海别墅里，但到达后发现张东海已经死亡。
暗战风云剧照
林笑海调查九洲厂财务状况时，发现九洲厂的财务全部被转移和套现。局长刘玉成、副局长林笑海、侦查处长雷国华等人就九洲厂保险柜被盗、资金流失和张东海之死进行分析调查。
暗战风云第2集剧情介绍乔太保知道张东海被杀以后，怀疑有人捣鬼，安排老鳖秘密调查，同时安排特务何福亮、罗丽莎赶到临江，要求他们在最短的时间里，拿到苏联提供给共军的米格发动机图纸及九洲厂存放发动机样品的车间坐标。张东洋在姚贵阳的安排下与郝丽娜在某山路处交易，将米格发动机的半份图纸交给郝丽娜，郝丽娜将钱和车交予张东洋，张东洋上车后，被郝丽娜手里的遥控爆炸装置引爆汽车身亡。
不法商人向风、安陆洋、万山等人得知张东海死讯，怀疑是张东海把九洲厂的资金全部卷走，同时也怕自己会惹祸上身，被公安局查。姚贵阳则安抚众兄弟，说只要装聋作哑，装作什么都不知道，政府早晚会给股东交代。工业局科长安长春及儿子安陆洋拜访姚贵阳，讨论张东海之死带来的麻烦，暗地里安长春也在怀疑是姚贵阳私吞了九洲厂的款子。
林笑海、刘玉成得到姚书记指示，对于九洲厂案件要暂缓调查，市里召开紧急会议，重新确定工作方向，保持一致的节奏。雷国华从上海公安局回来，向林笑海汇报情况，确认张东海是他杀，而非自杀，但可疑的是在张东海的遗物了发现了遗书，经过笔迹鉴定，确认是张东海本人写的，遗书落款的时间和张东海死相差两天，很不符合逻辑。
面对临江市九洲机械厂的特殊情况，经临江市委常委会研究决定，特责成临江市公安局成立"112"专案组，市委副书记方卫华任组长，林笑海任副组长，在九洲厂设立专案组，以便对此案件进行全面的调查工作。罗丽莎、何福亮安排特务潜入九洲厂盗取保险柜，被执勤战士发现，双方发生激烈枪战，敌特全部被打死。老鳖向乔太保汇报说查到张东洋被人绑走，罗丽莎怀疑跟姚贵阳有关系。
郝丽娜将图纸交给姚贵阳，姚贵阳交予郝丽娜一万美金，并让其离开临江，对于以后的去处不闻不问，这让郝丽娜非常伤心。郝丽娜开车行驶在街道，被早就等候在街道乔太保手下的人算计，遭绑架。乔太保让郝丽娜为自己做事，并保证她生命安全，郝丽娜在种种条件的诱惑下，加上姚贵阳对自己的薄情，答应了乔太保。
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