尽管蔬菜和水果在营养、功效方面，确实有很多相似之处，不过，还是存在一定差异的。
《中国居民膳食指南2016》中也指出，水果与蔬菜不能相互替换。蔬菜、水果营养成分不同。蔬菜富含植物化学物质，是提供微量营养素、膳食纤维和天然抗氧化物的重要来源。
其维生素、矿物质含量均优于水果；水果含有各种有机酸，如柠檬含有大量的柠檬酸、苹果含有大量的苹果酸等，其芳香物质、香豆素等植物化学物质，含量均优于蔬菜。
蔬菜、水果的碳水化合物组成不同。蔬菜主要是淀粉一类的多糖，需要在各种消化酶的作用下，变成单糖，才能被人体吸收；水果主要是葡萄糖、果糖和蔗糖一类的单糖和双糖，容易被人体吸收。因此水果相较于蔬菜，更能快速地转换成能量，但也易造成血液中血糖较快上升。
蔬菜比水果热量低。新鲜蔬菜每100克的热量大概在20~40kcal左右；新鲜水果每100克的热量大概在30~70kcal左右。同时，新鲜蔬菜（特别是叶菜类的饱腹感）比水果强，因此吃同等质量的蔬菜比水果摄入的热量更低，在控制体重方面，蔬菜比水果更加适合。
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